6、清洗完畢后，在淡水排放閥打開狀態下運行反滲透系統，直至淡水清潔、無泡沫或無清洗液，通常需要15-30min的時間。
反滲透膜清洗的注意事項：
酸洗過程中，應隨時檢查清洗液的pH值變化，溶解無機鹽類沉淀消耗酸時，pH的增加超過0.5個pH值單位，應向清洗箱補充酸，酸性清洗液的總循環時間不得超過20分鐘，超過此時，清洗液可能被清洗的無機鹽飽和，污染物再次沉積在膜表面系統必須停止24小時以上時，請將零件保存在1%(重量比)的亞硫酸氫鈉水溶液中。在清洗大型系統之前，建議從需要清洗的系統中取出膜部件，進行部件清洗效果試驗評價。
低流量輸入清洗液
首先用清洗水泵混合一遍清洗液，預熱清洗液時應以低流量（表7-1所列值的一半）。
然后以盡可能低的清洗液壓力置換元件內的原水，其壓力僅需達到足以補充進水至濃水的壓力損失即可，即壓力必須低到不會產生明顯的滲透產水。低壓置換操作能夠最大限度的減低污垢再次沉淀到膜表面，視情況而定，排放部分濃水以防止清洗液的稀釋。
表7-1.高流量循環期間每支壓力容器建議流量和壓力
循環
當原水被置換掉后，濃水管路中就應該出現清洗液，讓清洗液循環回清洗水箱并保證清洗液溫度恒定。
浸泡
停止清洗泵的運行，讓膜元件完全浸泡在清洗液中。有時元件浸泡大約1小時就足夠了，但對于頑固的污染物，需要延長浸泡時間，如浸泡10~15小時或浸泡過夜。為了維持浸泡過程的溫度，可采用很低的循環流量（約為表7-1所示流量的10%）。
高流量水泵循環
按表7-1所列的流量循環30~60分鐘。高流量能沖洗掉被清洗液清洗下來的污染物。如果污染嚴重，請采用高于表7-1所規定的50%的流量將有助于清洗，在高流量條件下，將會出現過高壓降的問題，單元件最大允許的壓降為1bar（15psi），對多元件壓力容器最大允許壓降為3.5bar（50psi），以先超出為限。
沖洗
預處理的合格產水可以用于沖洗系統內的清洗液，除非存在腐蝕問題（例如，靜止的海水將腐蝕不銹鋼管道）。為了防止沉淀，最低沖洗溫度為20℃。
